De conformidad con la Declaración de Florencia de 1996, se llegó al acuerdo de consolidar los ejes prioritarios de la cooperación comunitaria en la región haciendo hincapié posteriormente en la consolidación del Estado de Derecho, la modernización de las administraciones públicas, las políticas sociales, el desarrollo del comercio y la integración regional.

En el ámbito del desarrollo del comercio, desde la última reforma del Sistema de Preferencias Generalizadas, América Central se beneficia de las condiciones más ventajosas del sistema.

Los ejes estratégicos que rigen la cooperación de la Unión Europea con Centroamérica se sistematizan a través de los acuerdos de cooperación que han suscrito ambas regiones:

El primer Acuerdo Marco de Cooperación para América Central (Acuerdo de Cooperación entre la Comunidad Europea y los países parte del Tratado General de Integración Económica Centroamericana: Costa Rica, El Salvador, Guatemala, Honduras, Nicaragua y Panamá) fue firmado en Luxemburgo el 12 de noviembre de 1985, y constituyó uno de los convenios de segunda generación más avanzados de ese período en lo que respecta a las relaciones de la UE con otros países en vías de desarrollo de Asia y América Latina (los llamados PVD-ALA). En el mismo, se prevé la ejecución de una ayuda técnica y financiera y de una cooperación económica.

El segundo Acuerdo Marco de Cooperación firmado entre la CEE y las Repúblicas de Costa Rica, El Salvador, Guatemala, Honduras, Nicaragua y Panamá en San Salvador el 22 de febrero de 1993 durante la Conferencia de San José IX se inscribe ya en los convenios denominados de tercera generación. Este acuerdo que entró en vigor en 1999 establece que “... las partes contratantes se comprometen a fortalecer y diversificar sus relaciones de cooperación en todos los ámbitos de interés común, especialmente en las áreas económica, financiera, comercial, social, científico-técnica y de medio ambiente, y a promover el fortalecimiento y la consolidación del Sistema de Integración Centroamericana”. Se incorporan asimismo dos novedades que no se encuentran hasta 1993 en ninguno de los otros acuerdos concluidos con terceros países: la ayuda a refugiados y los programas de promoción de apoyo a la democracia y promoción de derechos humanos.

En el 2001 se ha firmado el Memorandum de Entendimiento entre la Comunidad Europea y la Secretaría General del Sistema de la Integración Centroamericana, Relativo a las Orientaciones Plurianuales para la Puesta en Práctica de la Cooperación Comunitaria, este documento contempla las áreas de concentración de la cooperación regional y una asignación presupuestaria indicativa de 87.5 millones de Euros.

Cumbre entre los Jefes del Estado y Gobierno de Centroamérica y la Unión Europea, mayo 2008. Ver pfd CumbreCAUE

La Comisión Europea ha publicado en septiembre 2009 analices sobre las relaciones con América Latina y una visión hacia el futuro en el documento“Comunicación de la Comisión al Parlamento Europeo y al Consejo - La Unión Europea y América Latina: Una asociación de actores globales”. Ver el documento en pdf: documento.Un sintesis en el documento "UE-América Latina: 10 años de asociación estratégica" (un análisis sobre las relaciones en los 10 últimos años) y en "Una nueva visión de las relaciones entre la UE y América Latina" (los grandes rasgos para el futuro).